湊家が暮らす「綾香市」に怪獣が出なくなって、一年の月日が流れ平和な日々を送っていた。自分の「夢」に向かって着実に歩んでいるイサミやアサヒに対し、カツミは将来の進路を決めかねていた。そこでカツミは、高校時代の友人で、ゲームクリエイターを目指していた戸井に、久しぶりに会ってみることにする。しかし、戸井は自宅に引きこもった生活を送っていた。そんな戸井の閉ざされた心に、トレギアと名乗る謎の存在が邪悪なアプローチをかけたのだった。さらにトレギアは、カツミの心にアプローチし、地球から遠く離れた怪獣たちが棲む異星へと飛ばしてしまった。そして地球では怪獣・スネークダークネスが出現し、イサミが変身したウルトラマ...