滅びの宿命から世界を救う大儀式・千万丈塔踏破。夜ごと顕現する霊術と歯車が織りなす巨塔の攻略に挑むのは皇家直属の特務機関〈八重山吹〉……通称ヤエブキ機関。双子の術師・天茜（あかね）と碧燈（あおひ）は邪教集団によるテロを防ぐため、帝都警備役の少女・祭花（まつりか）と組むことになる。相対すは、千万丈塔攻略を妨害する悪竜・七堕とその信者。管理社会に怨嗟する臣民。そして、全ての糸を引く滅びの姫君。凄絶な戦いの中で花開く少年たちと少女の絆は、やがて彼ら自身を傷つける刃ともなって――