飛鳥時代に三大寺といわれた大寺である。日本の正史である「日本書紀」には飛鳥寺などの大寺は創建年月・創建目的・発願者が記述されている。ところが、何故か川原寺のみは一切、記述されていない。これ程の大寺で朝廷からも重用された川原寺が何故正史に載せられなかったのか、また、平城京遷都の時、他の薬師寺や大安寺などの大寺は移建されたのに何故川原寺だけが飛鳥に残されたのか、まさに川原寺は「謎の大寺」である