地球連邦政府を転覆させうる秘密を隠した「ラプラスの箱」――宇宙世紀0096年、その「箱」を保有することで地球連邦政府との共生関係を築いたビスト財団が、ネオ・ジオン残党軍「袖付き」に「箱」を譲渡する動きを見せた。これを察知した地球連邦政府は「箱」を奪取すべく、ビスト財団の根拠地が併設された民間コロニー「インダストリアル7」に独立機動艦隊ロンド・ベルを投入する。その時、インダストリアル7の工専生バナージ・リンクスは謎の少女オードリー・バーンとの出会いを通して事件に巻き込まれ、生き別れの父カーディアス・ビストから「箱」の「鍵」であるMS「ユニコーンガンダム」を託された。各勢力の思惑が交錯し戦禍が拡大...