ハサウェイ・ノアは今、世界を敵に回す――。 シャアの反乱から12年、地球連邦政府は更なる腐敗を極めていた――。かつて想い人を手にかけてしまったハサウェイは、秘密結社マフティーのリーダーとして地球連邦政府に対する"粛清"を始めるのだった。