本種の別亜種としては subsp. affine は直立茎の背丈がより低く、また茎表面の稜の上の突起が不明瞭なもので、北米から中米にある本種は全てこれに属し、またロシア極東域と中国からも報告されている [9] 。本亜種の変種としては側枝を出すものをエダウチトクサ var. ramosum とするが、これは普通のものでも側枝を出す例が少なくないために区別するべきものではないともされる。他に葉鞘が茎の直径を超えるものをハマドクサ var. schleicheri 、茎に白い斑が入るものをフイリトクサ var. variegatum と名が与えられている。