6500万年前、巨大隕石の落下によって恐竜世界と人間世界が2つに引き裂かれた。絶滅したと思われていた恐竜は進化し、独自の世界を地下に作り上げていった。現代のニューヨーク。配管工の仕事を請け負うマリオとルイージの兄弟は、誘拐されたデイジーを追い広大な地下空間に広がる恐竜人の帝国を発見。デイジーを探してさ迷う2人に、地下帝国の王クッパの手が迫る。(C)1993 Allied Filmmakers N.V. © 1993 Nintendo