２１世紀初頭に発生した彗星の一部崩壊で落下した隕石による巨大災害とされた「セカンドインパクト」の結果現れた謎の敵「使徒（シト）」と、それに対抗するため人類側が立ち上げた少年少女しか操縦・戦闘できない人造兵器（巨大な汎用人型決戦兵器＝エヴァンゲリオン）と