「二度とCODEは使うな」と刑事・二宮湊人（坂口健太郎）に忠告した佐々木慎介（渋谷謙人）が、遺体で発見された。死因は覚醒剤の過剰摂取。二宮は佐々木の死を、悠香（臼田あさ美）の事故への関与が疑われたまま亡くなった寺島貴司（中島健）と同様に、何者かに殺されたと考えていた。そんな中、フリー記者・椎名一樹（染谷将太）は、二宮を自らがCODEを調査するアジトへと連れて行く。ハッカーの三宅咲（堀田真由）も交えた作戦会議が進む中、椎名たちは、佐々木が逃げる前に口にした「管理側」という言葉に引っかかる。佐々木を追っていた腕にミサンガをしていた女（松下奈緒）が関係しているのではないかと調べを進めると、驚きの事実...