冬休み最後の日、学園都市は悲しみに支配されていた。　上条当麻の死。　あまりに唐突で、あまりに理不尽な現実に、彼を知る者たちは現実を受け入れることができない。　インデックスは寮の鍵をかけながら、もう帰ることのない主を想い、御坂美琴と食蜂操祈も、喪服の襟を正しながら、その死を未だ信じられずにいた。　吹寄制理、青髪ピアス、クラスメイトたちも、告別式の準備に追われながら、彼の存在の大きさを思い知る。　上条当麻はもういない。　果たしてこの世界はどうなってしまうのか。