1996年 、ターナー・ブロードキャスティング・システムが タイム・ワーナー （現： ワーナー・ブラザース・ディスカバリー ）に買収され、 2001年 3月22日 にウィリアム・ハンナが没すると、ハンナ・バーベラはワーナー・ブラザースのアニメーション子会社、 ワーナー・ブラザース・アニメーション （Warner Bros. Animation）へ吸収され、消滅した。ジョセフ・バーベラは 2006年 12月18日 に没するまでワーナー・ブラザース・アニメーションの象徴として在籍し続けた。