京都・舞鶴湾で行われたイージス艦の体験航海に参加したコナン、蘭、小五郎、そして少年探偵団たち。海上自衛隊員による案内のもと、大迫力の対空戦闘訓練を見学していた。しかし突如、謎の敵の襲来を受け、訓練は狂気の現実へと変わる！隊員たちの冷静な対処によって何とか事態は落ち着いたものの、敵の狙いは果たして-。そんな最中、自衛隊員の左腕が艦内で発見される！コナンは、灰原や阿笠博士、そして平次と協力して捜査に乗り出す。そしてついに、艦内に某国のスパイＸが乗りこんでいることを知る！果たしてスパイＸとは誰なのか？このイージス艦で起こっている事件は、やがて日本全土を巻き込む恐ろしい陰謀のはじまりに過ぎなかった！そ...