須賀川市に本部を置く特殊部隊、ウルトラ警備隊・特務室。その中で宇宙人と戦うために特別な訓練を受けたトルーパーの青年がいた。彼の名はヒロ。ヒロは「とある理由」から宇宙人を憎んでいた……。一方、ジードはウルトラの父からの招待を受け、光の国にやってきていた。そんなジードにもたらされた情報。それは「地球に危険な生物兵器が持ち込まれた」というもの。しかもそれは「ジードの兄弟」だというのだ。交錯するヒロとジードの運命。果たして須賀川の、そして地球の明日は彼らに守り抜けるのか！？