スマレジの外部システム連携には、会計サービスの freee（会計フリー）、YAYOI SMART CONNECT（弥生シリーズ）、MFクラウド会計や、飲食店向けの、ぴかいちナビ、FOODIT21、TORETAなどがあります。また、クラウド型勤怠管理システム「スマレジ・タイムカード」と連携して勤怠情報から計算された人件費を自動入力することも可能です。スマレジAPIを使った連携の実例は、EC-CUBE、Synergy!360、ApaRevo SPA、WEB＋レジ、Visionary、dodoポイント、FOODIT21、ABEJAなどがあります。