前作『ライザのアトリエ ～常闇の女王と秘密の隠れ家～』での冒険から3年後、それぞれの道を歩んでいたライザと仲間たちが再会し、新たな出会いと別れを通じて、またひとつ“大切な何か”を見つける姿を描きます。