五十嵐大二は、フェニックスの後継組織「ブルーバード」で平和維持のため日々奮闘していた。一方、同組織で隊長を務める門田ヒロミの肉体にも回復の兆しが。それは遺伝子工学の権威・市村博士の研究の成果だった。そんなとき“ギフ亡き新時代のガーディアン”を自称する組織「アリコーン」が出現。彼らはある目的のために、少年少女たちを誘拐・監禁していた。ブルーバードによる救出作戦が展開される中で、ヒロミが被害者のひとり・留美を連れ去ったと疑いをかけられ、なんと指名手配されてしまう。さらに、真相を追う大二たちの前には、ヒロミと同じ顔を持つ人物――“ムラマサ”が現れ―。一年間魂のバディ関係を描いてきたリバイスの遺伝子を...