設定では、『ウルトラQ』に登場した一ノ谷博士らが中心となって日本支部を設立したとされ [105] 、『ウルトラQ』と本作品の間の出来事を描いた 円谷プロ 公認のPCゲーム『 ウルトラ作戦 科特隊出動せよ! 』では、ウルトラマンが現れる以前から怪獣と戦っており、創設者の一ノ谷博士も最初はメンバーに入っていたが第1話「科特隊日本支部誕生」の六角村での核露怪獣ゴルドキング迎撃作戦時に重傷を負い、第一線から退いている [注釈 51] 。第31話のムラマツキャップの話によると、少なくとも20年は歴史がある。